La explicación está en la sílaba donde recae la entonación de la palabra. La palabra “agua” es llana, el acento recae sobre la “a” inicial y para evitar que fonéticamente se confundan la “a” del artículo y la de la propia palabra, usamos el artículo masculino “el” y decimos o escribimos “el agua”.
Pasa lo mismo con otras palabras como águila, alma, anca, etc.
Y esto mismo ocurre aunque la palabra inicie con “h” como por ejemplo hacha, decimos o escribimos “el hacha”.
Sin embargo, cuando decimos estas mismas palabras en plural usamos el artículo femenino, así las aguas, las águilas, las almas, las ancas, las hachas.